当治疗第二阶段开始时，牙齿已经排平整齐，牙弓上过大或反向的合曲线也得到基本矫正。此阶段治疗的目的，是矫正磨牙的咬合关系及前牙的中线关系，并在调整前、后牙关系的同时，关闭牙弓上的间隙。
一、临床上矫正磨牙关系的主要方法有四种
1.早期利用矫形力促进颌骨的特异性生长。
2.利用各种装置设计调整磨牙的位置，比如Lip Bumper及各种推磨牙向后的装置
3.利用拔牙间隙及差动力进行牙的前后移动以调整咬合。
4.Ⅱ类或Ⅲ类牵引牵引，使牙及牙槽相对移动，从而达到磨牙的Ⅰ类关系。
二、关于中线的矫正
中线的矫正时机最好在第二期进行，因为此期矫正难度较小。矫正的方法也需要根据患者的情况具体加以选择，常用方法有：
三、关闭拔牙间隙
1.上、下颌前牙间的交互牵引；
2.后牙一侧II类一侧Ⅲ类牵引；
3.颌间非平衡力牵引；
4.颌内非对称力法；
5.单颌固定牵引法；
6.颌弓形态调整法。
